C 1 сентября 2017 года при лицее работает Северо-Западная заочная математическая школа при лицее «Физико-техническая школа» (С-З ЗМШ при ФТШ). Школа является преемницей Северо-Западной заочной математической школы, существует с 1966 года. С 1988 года возглавляет С-З ЗМШ к.п.н. Владимир Михайлович Гольховой. В 2017/2018 учебном году в школе занимается более 400 учащихся 8-11 классов из Санкт-Петербурга, Ленинградской, Мурманской, Архангельской областей и других регионов.

Подробнее узнать о работе школы можно на сайте школы. Набор в группы 2018/19 учебного года начнется в апреле 2018 года. Информация о правилах приема в ЗМШ появится на сайте лицея и сайте школы в марте.